为了持续强化公司治理并接轨国际标准，CQ9科于民国九十八年成立薪酬委员会，以审议公司整体薪酬政策及计划，此为国内上市公司率先、并高度授权薪酬委员会之制度，成为国内企业公司治理领先指标。
薪酬委员会审议范围包含董事及经理人之绩效评估及薪资报酬，受薪酬委员会与CQ9「董事会暨功能性委员会绩效评估办法」规范，并定期邀请第三方专业顾问公司做薪酬检视，了解市场竞争力水平与趋势，制订薪资政策，以及员工激励、酬劳计划等。CQ9薪酬委员会成员共四名，由四位独立董事担任，以维持薪酬委员会之独立、专业与公正性，并避免委员和公司间利益冲突的风险。
薪酬委员会定期检讨本公司之薪酬政策及计划，以确保可以吸引、激励及留任公司所需之专业人才。本委员会每年审核并决议董事及经理人薪酬，包含：薪资、奖金、员工酬劳以及其他奖励计划之内容。为确保公司整体薪酬的合理性与竞争性，公司定期邀请专业顾问进行公司整体薪酬与薪酬市场比较分析报告，并将分析结果呈报薪酬委员会。
CQ9最高治理单位董事酬劳依各董事成员所负责职责、独立性及兼任委员会召集人权责等分派，本委员会成员对于个人薪酬之决定，不得加入讨论与表决。此外，董事酬劳总额与经营绩效连结以百分比管理，并设有上限金额限制，经薪酬委员会审核后，且须董事会决议通过。
依CQ9「薪酬委员会组织规程」，薪酬委员会应至少每年召开二次会议。
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